报关单抬头和双抬头区别在于：对于单抬头申报，海关在出具关税和增值税发票时也是单抬头，那么，这个发票只有这个单抬头的单位或企业做账用；而双抬头申报时，海关在出具关税和增值税发票时也是双抬头，那么，这个发票可以双为抬头的单位或企业的任何一方拿去做账用。

如果是代理进口，那么凭代理合同，在报关时可以申报双抬头发票；如果没有这样处理，那么报关时直接申请实际缴税，且需要发票做账的一方作为发票的抬头单位。